Pilaf souhaite dérober les Dragon Balls pour enfin faire le vœu de devenir le maître du monde. Cependant, ils trouvent les ultimes Dragon Balls; elles ressemblent en tous points aux Dragon Balls habituelles, à l'exception de leurs étoiles qui sont noires et non pas rouges Goku est interpellé par l'apparition de Shenron ultime, le dragon invoqué grâce aux ultimes Dragon Balls. Il tombera sur Pilaf et ses acolytes, et repoussera leurs attaques. Pilaf maudira alors Gokû, en prétextant que si lui et Gokû faisaient la même taille, Pilaf serait en mesure de le vaincre a cause du voeu mal formulé par Pilaf, Goku est redevenu un enfant.
Il part dans l'espace en compagnie de Trunks et de sa petite-fille Pan à la recherche des Dragon Balls
Sur la première planète où ils passent, ils font la connaissance d'un petit robot du nom de Giru.
Ensemble,ils partent chercher la seconde ultime dragon ball sur une planète où tout est à une taille démesurée.
Leur voyage les conduit ensuite sur la planète Kelbo, berceau d'un peuple pacifique sous le joug d'un monstre du nom de Zounama capable de faire trembler la terre. Après avoir mis le monstre hors d'état de nuire en échange d'une des boules de cristal.
Nos amis poursuivent les frères Para Para qui l'ont voléé. Après s'être débarrassés des Frères Para Para, nos héros se rendent sur la planète Lourd afin de sauver Pan prisonnière de Dolltaky. Ce dictateur à la solde du Dr. Myuu est le maître d'une secte qui enlève des gens afin de voler leur énergie vitale. Celle-ci doit redonner naissance à un grand robot géant du nom de Luud. Nos amis le mettent hors de combat et récupèrent leur Dragon Balls avant de continuer leur voyage. Mais, pour effectuer quelques réparations, ils doivent s'arêter ssur une planète déserte.
Giru, leur petit robot, les conduit ensuite sur la Planète M-2 où il a été crée. Goku, Pan et Trunks sont alors enlevés par Général Rilldo et le Super Mega Canon Sigma. Ils sont conduits au repaire du Dr. Myuu qui veut les disséquer pour voler leur énergie et la transmettre à sa dernière création, Baby. Celui-ci est une créature artificielle capable de se transformer en liquide et de pénétrer dans le corps de ses victimes afin de les contrôler.
Grâce à l'intervention de Giru, pris de remords, nos amis sont sauvés et réussissent à s'échapper de la planète M-2.
Continuant leur quête à bord du vaisseau, nos amis portent secours à un vaisseau en difficulté. Ils sauvent un jeune garçon qu'ils ramènent sur la planète Pital. Celui-ci se révèle être Baby qui s'est emparé du corps d'un jeune garçon afin de tendre un piège à nos amis. Il tente de posséder Trunks mais celui-ci le repousse.
Baby s'enfuit donc et se rend sur Terre. Il y possède Gohan puisGoten et enfin Vegeta. Il prend ainsi possesion de tous les habitants de la planète. A leur retour sur terre, nos amis sont attaqués par Baby qui prend possession de Trunks. Goku tente de l'arrêter seul mais il échoue. Il est sauvé de justesse par Kibitoshin qui le conduit dans l'autre monde.
Pendant que Goku tente de faire repousser sa queue sur la planète du Vieux Kaïô Shin, sur Tsufuru, Oob lutte seul contre Baby Vegeta. Il est vaincu mais sauvé de justesse par Boo qui fusionne alors avec lui pour donner Super Oob. Afin de mieux combattre Baby Vegeta, il se transforme en bonbon et se laisse avaler par le monstre pour pouvoir l'attaquer de l'intérieur. Goku, de son côté, vient sur tsufuru et se transforme en Oozaru Doré. Baby Vegeta est contraint de fuir sous ses coups. Pan rejoint alors Goku Gorille et tente de lui faire reprendre conscience. En retrouvant sa mémoire sous forme de gorille, Goku
Baby Vegeta, de son côté, requiert l'aide de baby Bulma, afin de construire une machine qui le transforme en Oozaru Doré. Puis il va combattre Goku en Super Saiyan 4.
Pendant que les 2 guerriers se livrent un combat sans égal, Kibitoshin se rend au palais de Dieu pour récupérer l'eau bénite qui désenvoûte les gens possédés par Baby. Trunks, Gohan, Goten et Pan vont porter secours à Goku, et, ensemble, ils finiront par vaincre Baby.
La Terre est sur le point d'exploser et rien ne pourra la sauver. Vegeta suggère l'idée de transférer tous les habitants de la Terre sur Tsufuru, la planète de Baby. Il la fait renaître grâce aux boules de cristal.
Satan, de son côté, contacte tous les habitants de la Terre pour les prévenir de l'évacuation. Il leur explique que Goku et les autres vont les aider à quitter la planète. Une partie des gens emmenée sur Tsufuru à bord d'un grand vaisseau spatial construit par Bulma. Les autres, ainsi que les animaux, sont téléportés par Goku. Juste avant la destruction de la Terre, Goku cherche les derniers survivants. Il est tellement épuisé qu'il rate le super saiyan 4 et, ainsi, perd sa capacité de téléportation.
C'est alors que Piccolo, blessé par Baby Gohan, arrive et donne son énergie à Goku. Grâce au sacrifice de Piccolo, Goku et les derniers survivants vont réussir à s'en sortir.
